方法


通常距離行列を求めるには配列をアライメントする事が必要となりますが、計算時間の都合上、アライメントせずに距離行列を近似的に求める方法を採用しています。 手短には、配列のアミノ酸を３つ一組で考え、その出現頻度を２つの配列間で比較するという方法であり、この場合hash tableと呼ばれる高速な検索方法が非常に有用です。 近縁な配列間ではより多くの３つ組アミノ酸が観察される筈ですので、これを利用して２つのアミノ酸配列間の距離を求めることが出来ます(参照 Jones, D.T. et al. CABIOS 8,275-282, 1992)。
このようにして求めた距離行列を元に、高速な系統樹推定法である近隣結合法(NJ法)を用いて分子系統樹を推定します。
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