分子系統樹の作成にあたってはまず、系統関係を知りたい遺伝子族の accession numberやlocus nameを手に入れなければなりません。
そのためには既知のアミノ酸配列データから、 ホモロジーサーチによって、相同性のあるデータを検索することが必要です。
ホモロジーサーチは以下のＷＷＷサーバによって行うことができます。
これらの結果から、 Genbank(EMBL)のaccession number、locus name、PIRのaccession numberの 3つのうち、どれか一種類が使用できます。
それでは分子系統樹を作りましょう。
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